UAB „Trakų šilumos tinklai“ kaip savarankiška bendrovė buvo įregistruota 2000 metų spalio 31 d. Trakų rajono savivaldybėje, rejestro Nr. AB 2000-8 dokumentu, reorganizavus SP AB „Vilniaus šilumos tinklus.“
Savarankišką veiklą bendrovė pradėjo vykdyti 2000 metų birželio 1 d. pagal 2000 metų gegužės 31 d. skiriamąjį balansą perėmusi turtą ir įsipareigojimus iš SP AB „Vilniaus šilumos tinklų“. Tada bendrovė gavo įmonės kodą (181121797) bei PVM mokėtojo kodą (LT 1811217917) ir įsikūrė Trakuose, Maironio g. 11.
Vykdant 2005 metų rugsėjo 26 dienos Trakų rajono savivaldybės sprendimą Nr.S1 –358 ir bendrovės akcininkų nutarimu 2005 m. rugsėjo 28 d. buvo pasirašyta koncesijos sutartis Nr. T1-273, pagal kurią nuo 2005 m. spalio 18 d. UAB „Prienų energija“ 25-riems metams perėmė verslą, susijusį su šiluminės energijos gamyba bei tiekimu, taip pat išsinuomojo UAB „Trakų šilumos tinklų“ ilgalaikį turtą. Tačiau po 2013–2014 m. Trakų rajono savivaldybės priimtų sprendimų UAB „Prienų energija“ sugrąžino Rūdiškių, Senųjų Trakų ir Aukštadvario šilumos gamybos pajėgumus ir verslą atgal UAB „Trakų šilumos tinklams“.
Šiuo metu UAB „Trakų šilumos tinklai“ Trakų rajone eksploatuoja ir vykdo licencijuojamą veiklą – iš esmės įmonė užsiima ne tik šilumos gamyba, perdavimu ir pardavimu Aukštadvario, Čižiūnų, Rūdiškių, Senųjų Trakų, Onuškio, Paluknio, Bražuolės, Mikniškių, Bražuolės šilumos vartotojams, bet ir vykdo nemažai kitų veiklų: gyvenamųjų daugiabučių namų ir visuomeninių pastatų šildymo, karšto vandens sistemų ir šilumos punktų priežiūra, gyvenamųjų daugiabučių namų ir visuomeninių pastatų administravimas, o nuo 2013 metų Trakų rajono savivaldybės pavedimu bendrovė vykdo renovuojamų daugiabučių gyvenamųjų namų administratoriaus funkcijas.
